طبق هماهنگی های صورت گرفته مسابقات به صورت رفت و برگشت و با رعایت پروتکل های بهداشتی و انجام آزمایش های کرونا 

 از هر گروه دو تیم به مرحله بعد صعود می کنند که در مرحله دوم تیم ها به صورت ذیل مسابقات را انجام می دهند:
گروه  یک 
اول گروه یک با دوم گروه دو به صورت رفت و برگشت که یک تیم به مرحله بعد صعود می کند.
گروه دو
اول گروه ۲ با دوم گروه یک به صورت رفت و برگشت که یک تیم به مرحله بعد صعود می کند.
گروه سه
اول گروه ۳ با دوم گروه ۴  به صورت رفت و برگشت که یک تیم به مرحله بعد صعود می کند.
گروه چهار
 اول گروه ۴ با دوم گروه ۳ به صورت رفت و برگشت که یک تیم به مرحله بعد صعود می کند.

در مرحله بعد تیم های صعود کننده از گروه A , B و گروه C , D به صورت رفت و برگشت مسابقه را انجام داده ( تیم های میهمان و میزبانبه صورت قرعه مشخص می گردد.) و جمعا دو تیم به مرحله پایانی لیگ برتر امید صعود می کنند.

از هر گروه یک تیم در انتهای جدول به مسابقات مناطق فصل آتی از مرحله دوم سقوط می کند.

گروه بندی مسابقات باشگاه ها فصل ۱۴۰۰-۱۳۹۹ به شرح زیر است: 
گروه یک:
 علم و ادب تبریز، عقاب مهر تبریز، ملوان بندرانزلی، ماشین سازی تبریز و شهرداری اردبیل
گروه دو:
رایکا بابل، پاد ساری، استقلال نوین بجنورد، پرسپولیس قائمشهر، سوهان مهر قم و نشاط ساری
گروه سه:
نفت آبادان، شاهد بهبان، بعثت کرمانشاه، نماینده خوزستان و خیبر خرم آباد
گروه چهار:
برق شیراز، فجرشهید سپاسی شیراز، ایمان سبز شیراز، سپاهان شیراز، نوین فولاد یزد و فولاد یاسوج